São Bernardino surgiu no ano de 1957 com a chegada de colonos vindos do Estado do Rio Grande do Sul, onde desbravaram a mata nativa e construíram as primeiras casas, iniciando o cultivo de milho e outros cereais. As primeiras famílias que aqui fixaram residência foram dos agricultores: Salvador Leite de Andrade, Chico Galdino, Aldino Leo Scheid, Jacó Otto Follmann, João Weschenfelder, Affonso Fritzen, Friedhold João Walker e Emilio Wolfart. No ano de 1958, construíram também a primeira Igreja e Escola do futuro Município.
São Bernardino foi emancipado em 19 de Julho de 1995, através da Lei Estadual 8.998/95, dos municípios de Campo Erê e São Lourenço do Oeste. Está localizado no Noroeste Catarinense, conta com 210 Km2, possui uma população de 2.677 habitantes, sendo 719 habitantes no perímetro urbano e 1928 na área rural.
A instalação do município ocorreu em 1º de janeiro de 1997 e foi administrado por Waldir Antonio Walker – Prefeito Municipal e Epitácio Lourenço Lopes – Vice-Prefeito, no período de 1997 à 2004. Atualmente é administrado por Dalvir Luiz Ludwig (Prefeito) e Jair Alves Xavier (Vice-prefeito).
A economia do Município está baseada na agricultura, indústria, comércio e prestação de serviços. Na agricultura o município destaca-se pela criação de aves, suínos e gado de corte. É ainda grande produtor de leite, milho, feijão, fumo e laranja.
Outra atividade que vem aumentando a renda dos produtores rurais é a piscicultura e o reflorestamento.